Het Klokhuis zoekt vaak de samenwerking met andere partijen. Soms is die samenwerking inhoudelijk en soms is sprake van cofinanciering. In 2022 gaat het om de volgende partijen:
Centrum Seksueel Geweld, In Science, Rutgers, de Canon van Nederland, Amnesty International, Gemeente Almere, Het Origins Center, Hollandse Waterlinies, Nationaal Comité 4 en 5 mei, Nederlandse Limes Samenwerking, Prins Bernhard Cultuurfonds, Provincie Drenthe, Stichting Brook Foundation en Triodos Foundation, Stichting dr. Hendrik Muller’s Vaderlandsch Fonds, Stichting Ontwikkelingsfonds Daghulp voor Jeugdigen & Fie van der Hoop Fonds, Stichting Oogfonds Nederland, Stichting Weeshuis der Doopgezinden, Stichting Werelderfgoed.